En anden bil udviklet til Le Mans var 1999 Mercedes-Benz CLR GT prototypen, med en samlet højde på kun 1012 millimeter. Arbejdet med design og konstruktion af bilen, for at opfylde de strenge krav til Le Mans 24-timers løbet, begyndte i september 1998. Udviklingsmålene var aerodynamik for maksimal hastighed med relativt lav løft, den lavest mulige vægt og optimal stabilitet, for at sikre at bilens konstruktion kunne modstå konstant maksimal belastning over en 24-timers periode. Teknologien i den nye bil var baseret på CLK-LM fra det foregående år. På trods af intensive forprøver oplevede Mark Webber og Peter Dumbreck uheld på grund af aerodynamiske problemer, og Mercedes-Benz trak den tredje bil ud af løbet.

Type	Racer bil
Produktion	4
Motor	GT 108 C V-8, center. DOHC med 4 ventiler/cyl, indsprøjtning.
Volumen	5721 cm³
Karosseri / Chassis	Kulfiber karosseri på kulfiber og aluminium chassis
Bremser for	Kulfiber skiver
Bremser bag	Kulfiber skiver
Styring	Tandstang
Vægt	921 kg
Akselafstand	2670 mm
Længde	4900 mm
Bredde	1999 mm
Højde	1012 mm
Gearkasse	6-trins sekventiel
Top hastighed	340 km/t