99 i denne bils navn afspejlede året den var bygget – det samme kriterie som blev brugt tilbage i 1953 og 1955 – mens 3 var motorvolumen. Det var ikke nogen revolutionerende model men en udvikling af F300 med den samme høje udstødning, en tredje støddæmper foran til at kontrollere krængning, elektronisk kontrolleret styring og en ny designet baghjuls affjedring. Motoren var en type 048, der var lidt lettere end 047 og selvfølgelig med lidt flere hk. Ingeniørerne havde forfinet aerodynamikken, forbedret forholdet mellem drag og downforce. Det gav endelig resultat. I 1999 vandt Ferrari konstruktørernes titel for første gang i 16 år, takket være Michael Schumacher, Eddie Irvine og Mika Salo. Schumacher triumferede i starten af sæsonen på Imola og Monte Carlo. Irvine kæmpede om kørernes titel, efter sejre i Australien, Østrig, Tyskland og Malaysia, men Ferrari tabte titlen (til Mika Hakkinen for McLaren) i det sidste race på Suzuka for tredje år i træk.

Motor	80° V10, langsliggende center
Boring	96 mm
Slaglængde	41,4 mm
Volumen	2996,62 cm3
Kompression	12,5:1
Effekt	592 kW / 805 hk ved 17300 o/min
Effekt/liter	264 hk/liter
Ventiler	DOHC 4 ventiler/cylinder
Benzin tilførsel	Magneti Marelli elektronisk indirekte indsprøjtning
Smøring	Tør sump
Kobling	Fler-pladet
Chassis	Honeycomb og kul-fiber komposit monocoque
Affjedring for	Uafhængige push-rod, dobbelte wishbones, torsionsstang fjedre, teleskop støddæmpere
Affjedring bag	Uafhængige push-rod, dobbelte wishbones, torsionsstang fjedre, teleskop støddæmpere
Bremser	Skiver
Gearkasse	Elektro-hydraulisk 7-trins
Styring	Tandstang
Fordæk	13”, Bridgestone
Bagdæk	13”, Bridgestone
Vægt	600 kg